يتم قبول الطلاب الوافدين بكليات الجامعة عن طريق مكتب تنسيق القبول وفقا للقواعد الآتيه :
• الطلاب الحاصلون على الشهادة الثانوية الازهرية عام أو ما يعادلها يرشحون للقبول بالكليات النظرية و العملية وفقا لشروط القبول و الحد الادنى ( الأصلى أو الاعتبارى ) للدرجات المقررة لقبول نظرائهم من الطلاب المصريين و فى حدود الاعداد المقررة لكل كلية .
• الطلاب الحاصلون على شهادة ثانوية معهد البعوث عام أو ما يعادلها يرشحون للقبول للكليات النظرية وفقا لشروط القبول و الحد الادنى الاعتبارى للدرجات المقررة لنظرائهم من الطلاب المصريين و فى حدود الاعداد المقررة لكل كلية .
• الطلاب الحاصلون على شهادات معادلة لفرق النقل بالكليات يرشحون طبقا لقرارات لجان معادلة الدرجات العلمية بالجامعة .
• يشترط حداثة مؤهل الشهادة الثانوية للالتحاق بالجامعة و يجوز التجاوز عن ذلك فى حدود عامين سابقين لعام القبول بالنسبة للشهادات المعادلة و تزداد هذه المدة الى ثلاث اعوام بالنسبة للطلاب من البلاد غير الناطقة باللغة العربية فى الألتحاق بالكليات الدينية – و يطبق ذلك على طلاب جنوب السودان .
• الطلاب الحاصلون على شهادات معادلة للثانوية الازهرية أو ثانوية البعوث ( بنين – بنات ). يحدد عدد المقبولين من الطلاب الوافدين فى غير الكليات الدينية بما لا يزيد عن 10% من عدد الطلاب المصريين المقبولين بهذه الكليات و تكون الاولوية فى قبول هؤلاء الطلاب وفقا للترتيب الآتى :
• الطلاب الوافدين المقيدون على منح دراسية من جمهورية مصر العربية .
• الطلاب الوافدين الحاصلين على الشهادة الثانوية الازهرية أو ثانوية معهد البعوث من جمهورية مصر العربية .
• الطلاب الوافدين الحاصلون على شهادات معادلة للشهادات الثانوية الازهرية أو ثانوية معهد البعوث أو لفرق النقل بالكليات .
•لا يجوز قبول الطلاب الوافدين من جميع الجنسيات بكليات ( الطب – طب اسنان –الصيدلة – الهندسة ) إلا بعد العرض على فضيلة الاستاذ الدكتور / رئيس الجامعة .
•الطلاب و الطالبات الوافدين غير المقيدين على منح دراسية من من جمهورية مصر العربية المرشحون للقبول فى غير الكليات الدينية و الاقسام المناظرة لها بالكليات الاخرى بالجامعة و كذا الملتحقون منهم بالسنة التأهيلية أو بالسنة التمهيدية لا يجوز قيدهم بالجامعة إلا بعد سداد رسوم القيد و التأمينات و المصروفات الدراسية المقررة وفقا للاحكام المنظمة لذلك .
•تقوم الادارة العامة للطلاب الوافدين بالازهر بتسهيل مهمة الطلاب فى التأشير على شهاداتهم بما يفيد معادلتها كما تقوم ادارة الوافدين بالادارة العامه لشئون التعليم بالجامعة بالتأشير على الشهادات المعادلة لفرق النقل بكليات الجامعة بما يفيد ذلك .
الخدمات التى تقدم للطلاب الوافدين
• الاقامة بمدينة البعوث الاسلامية .
• الاشتراك بالانشطة الرياضية داخل الكليات .
• اعفائهم من المصروفات المقررة عليهم اذا كانوا مقيدين على منح الازهر .
• انشاء اتحاد طلاب لهم .
• تقدم اليهم جميع الخدمات التى تقدم الى الطلاب المصريين بالجامعة
شروط قبول الطلاب الوافدين بكليات جامعة الأزهر 
